Class FragmentPair


  • public class FragmentPair
    extends java.lang.Object
    a pair of fragments of two protein structures
    Since:
    1.5
    Version:
    %I% %G%
    Author:
    Andreas Prlic
    • Constructor Detail

      • FragmentPair

        public FragmentPair​(int length,
                            int p1,
                            int p2)
    • Method Detail

      • clone

        public java.lang.Object clone()
        Overrides:
        clone in class java.lang.Object
      • getCluster

        public int getCluster()
      • setCluster

        public void setCluster​(int cluster)
      • getContacts

        public int getContacts()
      • setContacts

        public void setContacts​(int contacts)
      • getCovered

        public int getCovered()
      • setCovered

        public void setCovered​(int covered)
      • getLength

        public int getLength()
      • setLength

        public void setLength​(int length)
      • getPos1

        public int getPos1()
      • setPos1

        public void setPos1​(int pos1)
      • getPos2

        public int getPos2()
      • setPos2

        public void setPos2​(int pos2)
      • getRms

        public double getRms()
      • setRms

        public void setRms​(double rms)
      • getRot

        public Matrix getRot()
      • setRot

        public void setRot​(Matrix rot)
      • getTrans

        public Atom getTrans()
      • setTrans

        public void setTrans​(Atom trans)
      • getUnitv

        public Atom getUnitv()
      • setUnitv

        public void setUnitv​(Atom unitv)
      • getUsed

        public int getUsed()
      • setUsed

        public void setUsed​(int used)
      • getCenter1

        public Atom getCenter1()
      • setCenter1

        public void setCenter1​(Atom center1)
      • getCenter2

        public Atom getCenter2()
      • setCenter2

        public void setCenter2​(Atom center2)
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object